Originario de Ciudad Anáhuac, Nuevo León. Es Ingeniero Químico por la Universidad Autónoma de Nuevo, León, donde obtuvo la Medalla “Premio al Saber”, otorgada por la Sociedad de Ingenieros y Técnicos de Monterrey, A.C.; posteriormente, recibió una beca del CONACYT para cursar su Maestría en la Universidad de Manchester (UMIST), Reino Unido, donde obtuvo el grado de Maestro en Ciencias (M.Sc.) con especialidad en Diseño de Reactores.

Por su buen desempeño académico, su beca fue extendida para cursar un Doctorado en la Universidad de Cambridge, Reino Unido, donde obtuvo el grado de Doctor en Filosofía (Ph.D.) en Ingeniería Química con especialidad en Procesos de Separación. Más recientemente y con la finalidad de contar con mayores conocimientos para favorecer la vinculación de los sectores productivo y educativo mexicanos, cursó otro Doctorado en la Universidad Autónoma Metropolitana, Campus Iztapalapa, donde obtuvo el grado de Doctor en Estudios Sociales con especialidad en Mercado Laboral.

A partir del 1º de agosto de 2016, el Dr. Gustavo Flores Fernández, fue designado Director del Instituto Tecnológico de Tlalnepantla.

Se ha desempeñado por más de 38 años como profesor, investigador y directivo en el sector educativo y como consultor en la industria nacional.

Ha fungido como profesor-investigador en el Sistema Nacional de Institutos Tecnológicos (Tecnológico Nacional de México, TecNM) desde 1983. Fue Jefe de Posgrado y Director del Instituto Tecnológico de Tijuana. También ha sido profesor y Jefe de Posgrado e Investigación en el Instituto Tecnológico de Tlalnepantla. Se desempeñó como Subdirector de Investigación y como Director Académico del Sistema Nacional de Institutos Tecnológicos (ahora Tecnológico Nacional de México, TecNM) durante 11 años, e impulsó su reforma educativa en 1993. También ha sido asesor del Director General del TecNM.

Fue Director de Diseño Curricular en el Colegio Nacional de Educación Profesional Técnica (CONALEP) en donde conceptualizó e indujo en el 2003, las nuevas formaciones en carreras de profesional técnico – bachiller de Educación Media Superior, con la finalidad de que los egresados se empleen en la industria y/o continúen estudios de nivel superior.

También se desempeñó como Coordinador de Universidades Politécnicas, SEP, para fortalecer su modelo educativo y posicionarlas ante el sector empresarial.  Entre otras actividades.